論文
総説・著書
学会発表
研究費
特許

論文

  1. Kakoi S, Imazato M, Shuto A, Senjyu H, Asai T, Nishimura A, Akashi T: Phenotype-based screening of yeast mutants with enhanced sulfur metabolism. Biosci Biotechnol Biochem, zbag123, 2026.
  2. Kakoi S, Nishimura A, Senjyu H, Asai T, Akashi T: Selective rewiring of Met4 ubiquitin regulation enhances S-adenosylmethionine accumulation in sake yeast. J Biosci Bioeng, 2026, in press.
  3. Nishimura A, Isogai S, Yamada K, Tanahashi R, Takagi H: Isolation and characterization of Saccharomyces cerevisiae mutants with ornithine accumulation for value-added craft beer brewing. J Ind Microbiol Biotechnol, 53: kuag013, 2026. 責任著者.
  4. Nishimura A, Ota S, Isogai S, Takagi H: A streamlined protocol for high-quality RNA extraction from bread dough. J Microbiol Methods, 240: 107352, 2026. 責任著者.
  5. Tanahashi R, Takagi H, Nishimura A: A key regulatory region required for the inhibition of proline utilization in the yeast transceptor Can1. Biosci Biotechnol Biochem, 89: 1521–1524, 2025. 責任著者.
  6. Isogai S, Tanahashi R, Takagi H, Nishimura A: Evaluation of synthetic peptides for direct protein delivery into Saccharomyces cerevisiae. Biosci Biotechnol Biochem, 89: 1525–1528, 2025. 責任著者.
  7. Isogai S, Nishimura A, Inoue A, Sonohara S, Tsugukuni T, Takagi H: Functional analysis of an S-adenosylmethionine-insensitive methylenetetrahydrofolate reductase identified in methionine-accumulating yeast mutants. Biosci Biotechnol Biochem, 89: 124–132, 2025.
  8. Nishimura A, Tanahashi R, Takagi H: The yeast F-box protein Met30 regulates proline utilization independently of transceptor Can1 under nutrient-rich conditions. Microorganisms, 12: 2510, 2024. 責任著者.
  9. Nishimura A, Tanahashi R, Nakagami K, Morioka Y, Takagi H: The arginine transporter Can1 negatively regulates biofilm formation in yeasts. Front Microbiol, 15: 1419530, 2024. 責任著者.
  10. Tanahashi R, Nishimura A, Kan K, Ishizaki N, Fujishima S, Endo H, Takagi H: Enhancing freezing stress tolerance through regulation of the ubiquitin-proteasome system in Saccharomyces cerevisiae. Fermentation, 10: 318, 2024. 責任著者.
  11. Isogai S, Nishimura A, Inoue A, Sonohara S, Tsugukuni T, Okada T, Takagi H: Functional analysis of feedback inhibition-insensitive aspartate kinase identified in a threonine-accumulating mutant of Saccharomyces cerevisiae. Appl Environ Microbiol, 90: e00155-24, 2024.
  12. Nishimura A, Yoon S, Matsunaga T, Ida T, Jung M, Ogata S, Morita M, Yoshitake J, Unno Y, Barayeu U, Takata T, Takagi H, Motohashi H, van der Vliet A, Akaike T: Longevity control by supersulfide-mediated mitochondrial respiration and regulation of protein quality. Redox Biol, 69: 103018, 2024. 責任著者.
  13. Tanahashi R, Nishimura A, Nguyen M, Sitepu I, Fox G, Boundy-Mills K, Takagi H: Isolation of yeast strains with higher proline uptake and their applications to beer fermentation. J Fungi, 9: 1137, 2023. 責任著者.
  14. Nishimura A, Tanahashi R, Nakazawa H, Oi T, Mima M, Takagi H: PKA-Msn2/4-Shy1 cascade controls inhibition of proline utilization under wine fermentation models. J Biosci Bioeng, 136: 438–442, 2023. 責任著者.
  15. Kasamatsu S, Nishimura A, Alam M, Morita M, Shimoda K, Matsunaga T, Jung M, Ogata S, Barayeu U, Ida T, Nishida M, Nishimura A, Motohashi H, Akaike T: Supersulfide catalysis for nitric oxide and aldehyde metabolism. Sci Adv, 9: eadg8631, 2023.
  16. Abidin QHZ, Ida T, Morita M, Matsunaga T, Nishimura A, Jung M, Hassan N, Takata T, Ishii I, Kruger W, Wang R, Motohashi H, Tsutsui M, Akaike T: Synthesis of sulfides and persulfides is not impeded by disruption of three canonical enzymes in sulfur metabolism. Antioxidants, 12: 868, 2023.
  17. Nishimura A, Tanahashi R, Nakagami K, Morioka Y, Takagi H: Identification of an arginine transporter in Candida glabrata. J Gen Appl Microbiol, 69: 229–233, 2023. 責任著者.
  18. Isogai S, Nishimura A, Murakami N, Hotta N, Kotaka A, Toyokawa Y, Ishida H, Takagi H: Improvement of valine and isobutanol production in sake yeast by Ala31Thr substitution in the regulatory subunit of acetohydroxy acid synthase. FEMS Yeast Res, 23: foad012, 2023.
  19. Nishimura A, Tanahashi R, Oi T, Kan K, Takagi H: Plasmid-free CRISPR/Cas9 genome editing in Saccharomyces cerevisiae. Biosci Biotechnol Biochem, 87: 458–462, 2023. 責任著者.
  20. Tanahashi R, Nishimura A, Morita F, Nakazawa H, Taniguchi A, Ichikawa K, Nakagami K, Boundy-Mills K, Fox G, Takagi H: The arginine transporter Can1 acts as a transceptor for regulation of proline utilization in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Yeast, 40: 333–348, 2023. 責任著者.
  21. Tanahashi R, Nishimura A, Nguyen M, Sitepu I, Fox G, Boundy-Mills K, Takagi H: Large-scale screening of yeast strains that can utilize proline. Biosci Biotechnol Biochem, 87: 358–362, 2022. 責任著者.
  22. Nishimura A, Ichikawa K, Nakazawa H, Tanahashi R, Morita F, Sitepu I, Boundy-Mills K, Fox G, Takagi H: The Cdc25/Ras/cAMP-dependent protein kinase A signaling pathway regulates proline utilization in wine yeast Saccharomyces cerevisiae under a wine fermentation model. Biosci Biotechnol Biochem, 86: 1318–1326, 2022. 責任著者.
  23. Nishimura A, Nakagami K, Kan K, Morita F, Takagi H: Arginine inhibits Saccharomyces cerevisiae biofilm formation by inducing endocytosis of the arginine transporter Can1. Biosci Biotechnol Biochem, 86: 1300–1307, 2022. 責任著者.
  24. Isogai S, Nishimura A, Kotaka A, Murakami N, Hotta N, Ishida H, Takagi H: High-level production of isoleucine and fusel alcohol by expression of feedback inhibition-insensitive threonine deaminase in Saccharomyces cerevisiae. Appl Environ Microbiol, 88: e02130-21, 2022.
  25. Kurane T, Matsunaga T, Ida T, Sawada K, Nishimura A, Fukui M, Umemura M, Nakayama M, Ohara N, Matsumoto S, Akaike T, Matsuzaki G, Takaesu G: GRIM-19 is a target of mycobacterial Zn2+ metalloprotease 1 and indispensable for NLRP3 inflammasome activation. FASEB J, 36: e22096, 2022.
  26. Nishimura A, Isogai S, Murakami N, Hotta N, Kotaka A, Matsumura K, Hata Y, Ishida H, Takagi H: Isolation and analysis of a sake yeast mutant with phenylalanine accumulation. J Ind Microbiol Biotechnol, 49: kuab085, 2022.
  27. Nishimura A, Takasaki Y, Isogai S, Toyokawa Y, Tanahashi R, Takagi H: Role of Gln79 in feedback inhibition of the yeast γ-glutamyl kinase by proline. Microorganisms, 9: 1902, 2021.
  28. Nishimura A, Yoshikawa Y, Ichikawa K, Takemoto T, Tanahashi R, Takagi H: Longevity regulation by proline oxidation in yeast. Microorganisms, 9: 1650, 2021.
  29. Isogai S, Matsushita T, Imanishi H, Koonthongkaew J, Toyokawa Y, Nishimura A, Yi X, Kazlauskas R, Takagi H: High-level production of lysine in the yeast Saccharomyces cerevisiae by rational design of homocitrate synthase. Appl Environ Microbiol, 87: e00600-21, 2021.
  30. Tanahashi R, Matsushita T, Nishimura A, Takagi H: Downregulation of the broad-specificity amino acid permease Agp1 mediated by the ubiquitin ligase Rsp5 and the arrestin-like protein Bul1 in yeast. Biosci Biotechnol Biochem, 85: 1266–1274, 2021.
  31. Tanahashi R, Afiah T, Nishimura A, Watanabe D, Takagi H: The C2 domain of the ubiquitin ligase Rsp5 is required for ubiquitination of the endocytic protein Rvs167 upon change of nitrogen source. FEMS Yeast Res, 20: foaa058, 2020.
  32. Nishimura A, Tanahashi R, Takagi H: The yeast α-arrestin Art3 is a key regulator of arginine-induced endocytosis of the high-affinity proline transporter Put4. Biochem Biophys Res Commun, 531: 416–421, 2020.
  33. Murakami N, Kotaka A, Isogai S, Ashida K, Nishimura A, Matsumura K, Hata Y, Ishida H, Takagi H: Effects of a novel variant of the yeast γ-glutamyl kinase Pro1 on its enzymatic activity and sake brewing. J Ind Microbiol Biotechnol, 47: 715–723, 2020.
  34. Nishimura A, Tanikawa T, Takagi H: Inhibitory effect of arginine on proline utilization in Saccharomyces cerevisiae. Yeast, 37: 531–540, 2020.
  35. Dóka É, Ida T, Dagnell M, Abiko Y, Cong NL, Balog N, Takata T, Espinosa B, Nishimura A, Cheng Q, Funato Y, Miki H, Fukuto J, Prigge JR, Schmidt EE, Arnér ESJ, Kumagai Y, Akaike T, Nagy P: Control of protein function through oxidation and reduction of persulfidated states. Sci Adv, 6: eaax8358, 2020.
  36. Nishimura A, Nasuno R, Yoshikawa Y, Jung M, Ida T, Matsunaga T, Morita M, Takagi H, Motohashi H, Akaike T: Mitochondrial cysteinyl-tRNA synthetase is expressed via alternative transcriptional initiation regulated by energy metabolism in yeast cells. J Biol Chem, 294: 13781–13788, 2019.
  37. Hamid HA, Tanaka A, Ida T, Nishimura A, Matsunaga T, Fujii S, Morita M, Sawa T, Fukuto JM, Nagy P, Tsutsumi R, Motohashi H, Ihara H, Akaike T: Polysulfide stabilization by tyrosine and hydroxyphenyl-containing derivatives that is important for reactive sulfur metabolomics analysis. Redox Biol, 21: 101096, 2019.
  38. Khan S, Fujii S, Matsunaga T, Nishimura A, Ono K, Ida T, Ahmed KA, Okamoto T, Tsutsuki H, Sawa T, Akaike T: Reactive persulfides from Salmonella typhimurium downregulate autophagy-mediated innate immunity in macrophages by inhibiting electrophilic signaling. Cell Chem Biol, 25: 1403–1413.e4, 2018.
  39. Akaike T, Ida T, Wei FY, Nishida M, Kumagai Y, Alam MM, Ihara H, Sawa T, Matsunaga T, Kasamatsu S, Nishimura A, Morita M, Tomizawa K, Nishimura A, Watanabe S, Inaba K, Shima H, Tanuma N, Jung M, Fujii S, Watanabe Y, Ohmuraya M, Nagy P, Feelisch M, Fukuto JM, Motohashi H: Cysteinyl-tRNA synthetase governs cysteine polysulfidation and mitochondrial bioenergetics. Nat Commun, 8: 1177, 2017.
  40. Ihara H, Kasamatsu S, Kitamura A, Nishimura A, Tsutsuki H, Ida T, Ishizaki K, Toyama T, Yoshida E, Abdul Hamid H, Jung M, Matsunaga T, Fujii S, Sawa T, Nishida M, Kumagai Y, Akaike T: Exposure to electrophiles impairs reactive persulfide-dependent redox signaling in neuronal cells. Chem Res Toxicol, 30: 1673–1684, 2017.
  41. Nishimura A, Kumagai T, Nakatani M, Yoshimura K: Method for selective quantification of adipose-derived stromal/stem cells in tissue. J Biol Methods, 3: e58, 2016. 責任著者.
  42. Jung M, Kasamatsu S, Matsunaga T, Akashi S, Nishimura A, Ono K, Morita M, Abdul Hamid H, Fujii S, Kitamura H, Sawa T, Ida T, Motohashi H, Akaike T: Protein polysulfidation-dependent persulfide dioxygenase activity of ethylmalonic encephalopathy protein 1. Biochem Biophys Res Commun, 480: 180–186, 2016.
  43. Yamamoto K, Hara KY, Morita T, Nishimura A, Sasaki D, Ishii J, Ogino C, Kizaki N, Kondo A: Enhancement of astaxanthin production in Xanthophyllomyces dendrorhous by an efficient method for complete gene deletion. Microb Cell Fact, 15: 155, 2016.
  44. Tone H, Yoshioka S, Akiyama H, Nishimura A, Ichimura M, Nakatani M, Kiyono T, Toyoda M, Watanabe M, Umezawa A: Embryoid body-explant outgrowth cultivation from induced pluripotent stem cells in an automated closed platform. BioMed Res Int, Article ID 7098987, 2016.
  45. Yoshikawa Y, Nasuno R, Kawahara N, Nishimura A, Watanabe D, Takagi H: Regulatory mechanism of the flavoprotein Tah18-dependent nitric oxide synthesis and cell death in yeast. Nitric Oxide, 57: 85–91, 2016.
  46. Nasuno R, Aitoku M, Manago Y, Nishimura A, Sasano Y, Takagi H: Nitric oxide-mediated antioxidative mechanism in yeast through the activation of the transcription factor Mac1. PLoS One, 9: e113788, 2014.
  47. Watanabe D, Kikushima R, Aitoku M, Nishimura A, Ohtsu I, Nasuno R, Takagi H: Exogenous addition of histidine reduces copper availability in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Microbial Cell, 1: 241–246, 2014.
  48. Nishimura A, Kawahara N, Takagi H: The flavoprotein Tah18-dependent NO synthesis confers high-temperature stress tolerance on yeast cells. Biochem Biophys Res Commun, 430: 137–143, 2013.
  49. Nishimura A, Nasuno R, Takagi H: The proline metabolism intermediate Δ1-pyrroline-5-carboxylate directly inhibits mitochondrial respiration in budding yeast. FEBS Lett, 586: 2411–2416, 2012.
  50. Nishimura A, Kotani T, Sasano Y, Takagi H: An antioxidative mechanism mediated by the yeast N-acetyltransferase Mpr1: oxidative stress-induced arginine synthesis and its physiological role. FEMS Yeast Res, 10: 687–698, 2010.

総説・著書

  1. Tanahashi R, Takagi H, Nishimura A: Nutrient sensing and transceptor-mediated metabolic control in yeast, FEMS Yeast Res, foag027, 2026
  2. Isogai S, Nishimura A, Takagi H: Breeding of yeast strains with intracellular amino acid accumulation for value-added alcoholic beverages, FEMS Yeast Res, foaf065, 2025.
  3. Nishimura A: Regulations and functions of proline utilization in yeast Saccharomyces cerevisiae, Biosci Biotechnol Biochem, 88: 131-137, 2024.　責任著者.
  4. 高木 博史, 磯貝 章太, 西村 明: 「アミノ酸機能工学」による酵母の高機能開発とその産業応用, 科学と工業, 2022年
  5. 西村 明: 寿命・老化における超硫黄分子の役割, 生化学, 2021年
  6. 西村 明, 高崎 友里恵, 高木 博史: 酵母におけるプロリンの新しい生理機能と代謝調節機構, 生化学, 2021年
  7. 西村 明, 本橋 ほづみ, 赤池 孝章: 活性イオウによる生体防御とエネルギー代謝, 細胞, 2019年
  8. 西村 明, 本橋 ほづみ, 赤池 孝章: 活性イオウ分子によるエネルギー代謝制御, 基礎老化研究, 43(1), 7–12, 2019年
  9. 西村 明, 赤池 孝章: 哺乳類におけるイオウ呼吸の発見, 医学のあゆみ, 2018年
  10. 西村 明, 井田 智章, 赤池 孝章: 3. ポリスルフィド化, 生体の科学, 2018年
  11. 西村 明, 井田 智章, 赤池 孝章: SH（ポリスルフィド）酸化, 生体の科学, 2018年
  12. 西村 明, 赤池 孝章: 活性イオウ分子: システインパースルフィドの新規生合成経路の発見とその生理機能, 化学と生物, 2018年
  13. 西村 明, 赤池 孝章: 硫黄呼吸の発見: ペルスルフィド産生酵素による新しいエネルギー代謝, 現代化学 = Chemistry today, 565, 55–59, 2018年
  14. 井田 智章, 西村 明, 守田 匡伸: 活性イオウメタボローム: イオウ代謝物とレドックスバイオマーカー, 実験医学, 2018年
  15. 西村 明, 赤池 孝章: 活性イオウ分子: システインパースルフィドの新規生合成経路の発見とその生理機能, 硫酸と工業, 2017年
  16. Kasamatsu S, Nishimura A, Morita M, Matsunaga T, Abdul Hamid H, Akaike T: Redox signaling regulated by cysteine persulfide and protein polysulfidation. Molecules, 21: 1721, 2016.

学会発表

  1. 西村 明: 酵母におけるプロリン資化抑制機構の解明 ― 栄養感知と代謝制御の新たな関係 ―, 日本農芸化学会, 2026 年3月
  2. 圍 彰吾, 西村 明, 千住 浩之, 浅井 拓也, 明石 貴裕: 出芽酵母Met4の変異によるメチオニン添加条件下の硫黄代謝維持機構の解析, 日本農芸化学会, 2026年3月
  3. 西村 明, 磯貝 章太, 棚橋 亮弥, 高木 博史: 酵母におけるプラスミドフリーCRISPR/Cas9ゲノム編集,日本農芸化学会, 2026年3月
  4. 西村 明: 循環型バイオエコノミー社会の中核を担うアミノ酸高資化性酵母の探索とその応用, 酵母細胞研究会例会, 2026年2月
  5. 西村 明: 微生物改変による発酵・醸造食品の差別化・高機能化,MIX Project企画 × 第93回 MIU Cafe, 2025年12月
  6. 西村 明: 発酵食品の価値を高める高機能酵母の開発,リエゾン-I オンラインマッチングフェア～新技術説明会～, 2025年11月
  7. Akira Nishimura: Inhibitory mechanisms of proline utilization in yeast: A step toward proline-free wine, Innovations in Plant and Food Sciences IPFS-2025, 2025年11 月
  8. 圍 彰吾, 西村 明, 千住 浩之, 浅井 拓也, 明石 貴裕: 出芽酵母HOM6 の突然変異による硫黄代謝亢進, 日本生物工学会大会, 2025年9月
  9. 小寺 明良, 高木 博史, 西村 明: Saccharomyces cerevisiae における炭素源としてのアミノ酸の資化性, 酵母遺伝学フォーラム, 2025年9月
  10. 圍 彰吾, 西村 明, 千住 浩之, 浅井 拓也, 明石 貴裕: 富栄養条件における硫黄代謝関連遺伝子の転写抑制要因の探索, 酵母遺伝学フォーラム, 2025年9月
  11. 西村 明, 高木 博史: トランスセプターCan1を介したプロリン資化抑制機構の解明,日本生化学会東北支部 第91回例会, 2025年6月

研究費

《科研費関連》

  1. 基盤研究（C）「酵母におけるアルギニントランスセプターCan1を介したプロリンの取込み阻害」（代表、2024年4月～2027年3月）
  2. 基盤研究（S）「真菌における一酸化窒素の統合的理解と育種・創薬への応用」（分担、代表者：高木博史、2021年4月～2024年3月）
  3. 基盤研究（C）「アルギニンによるプロリン資化抑制機構の理解とワイン発酵への応用展開」（代表、2021年4月～2024年3月）
  4. 若手研究「イオウ依存型エネルギー代謝機構の解明：発酵科学・医学生物学のニューパラダイム」（代表、2019年4月～2021年3月）
  5. 若手研究（B）「酵母における活性イオウ分子：システインパースルフィドの生理的役割の解明」（代表、科研費番号：17K15408、2017年４月～2019年3月）
  6. 特別研究員奨励費「酵母におけるアルギニン・一酸化窒素の合成を介した新規抗酸化機構」（代表、科研費番号：11J09201、2011年４月～2012年3月）

《財団助成金関係》

  1. 発酵研究所・研究室助成「細胞内共生研究を先導する若手研究者コミュニティの構築と次世代研究者の育成」（分担、2026年4月～2030年3月）
  2. 野田産業科学研究所・奨励研究助成「硫酸トランスポーターSul1のトランスセプター機能解明と感知起点型硫黄代謝制御」（代表、2026年4月～2027年3月）
  3. ノボザイムズジャパン・奨学金「出芽酵母におけるトランスセプターを介した感知起点型代謝再編成の分子基盤」（代表、2026年1月～2026年12月）
  4. 日本農芸化学会・「FUTURE農芸化学100」若手研究者スタートアップ助成金「酵母におけるトランスセプターを介した栄養源感知と代謝制御機構の解明」（代表、2025年9月～2026年8月）
  5. 酵母細胞研究会・地神芳文記念研究助成金「循環型バイオエコノミー社会の中核を担うアミノ酸高資化性酵母の探索とその応用」（代表、2024年9月～2025年8月）
  6. 三島海雲記念財団・学術研究奨励金「野生酵母ライブラリーからのプロリン高資化性株の単離とその利用」（代表、2024年7月～2025年6月）
  7. ヤンマー資源循環支援機構・研究助成「廃棄物という概念の無い世界に向けたアミノ酸資化性酵母の探索とその利用」（代表、2024年4月～2025年3月）
  8. サッポロ生物科学振興財団・研究助成「プロリンを含まないワインやビールづくりへの挑戦―野生酵母コレクションを活用したプロリン資化性酵母の探索―」（代表、2023年4月～2024年3月）
  9. 野田産業科学研究所・奨励研究助成「発酵環境におけるプロリン資化抑制機構の解明と酒類醸造への応用」（代表、2022年4月～2023年3月）
  10. 日本農芸化学会・研究奨励金「発酵環境におけるプロリン資化抑制機構の解明とその応用」（代表、2022年1月～2023年3月）
  11. 発酵研究所・一般研究助成「ワイン発酵におけるプロリン資化抑制機構の理解とその応用展開」（代表、2021年4月～2023年3月）
  12. 奈良先端科学技術大学院大学支援財団・教育研究活動支援「発酵環境におけるプロリン資化抑制の理解とその応用展開」（代表、2021年4月～2022年3月）
  13. アサヒグループ学術振興財団・学術研究助成「酵母におけるプロリン資化抑制機構の解明とワイン発酵への応用」（代表、2021年4月～2022年3月）
  14. 長瀬科学技術振興財団・研究助成金「イオウ依存型エネルギー代謝機構の応用展開」（代表、2020年4月～2021年3月）
  15. 三島海雲記念財団・学術研究奨励金「ワイン発酵におけるプロリン資化抑制機構の理解とその応用」（代表、2020年4月～2021年3月）

《これまでの主な共同研究先》

ベースフード、白鶴、マンズワイン、武蔵精密工業、月桂冠、サラヤ、クボタ、ダイキン、テーブルマークなど

特許

  1. 磯貝 章太，西村 明，井上 明子，高木 博史，継国 孝司，山田（園原）詩野： L-メチオニン高生産酵母，WO 2026/088439 A1.
  2. 磯貝 章太，西村 明，井上 明子，高木 博史，継国 孝司，山田（園原）詩野，岡田 知之： L-システイン高生産酵母の育種方法，WO 2025/177585 A1
  3. 磯貝 章太，西村 明，井上 明子，高木 博史，継国 孝司，岡田 知之，山田（園原）詩野： 変異型アスパラギン酸キナーゼHom3によりスレオニンを高生産する酵母，特開 2025-118067
  4. 西村 明，谷川 翼，高木 博史： アルコール飲食品製造用組成物，特願2020-041757
  5. 西村 明，中谷 勝，古吉 重雄： 細胞含有試料中の間葉系幹細胞の含有量を評価する方法，WO 2017/043637 A1
  6. 木崎 憲之，西村 明，松田 拡敏，原 清敬，近藤 昭彦： 新規DNA，およびそれを利用したカロテノイドの製造方法，WO 2014/046051 A1